Свою историю институт начинает с организации в 1965г. Главного информационного вычислительного центра (ГИВЦ) с возложенными на него задачами по информационному обеспечению работы Центрального аппарата Министерства авиационной промышленности.
За многолетнюю историю институт претерпел ряд преобразований. В 1971г. ГИВЦ был преобразован в Главный информационный научно-исследовательский вычислительный центр (ГИНИВЦ), которому было поручено создание отраслевой автоматизированной системы управления, а также проведение методической и организационной работы на предприятиях отрасли в сферах разработки, производства и эксплуатации авиационной техники.
В 1978г. на базе ГИНИВЦ и комплекса экономики и организации производства Научного института авиационной технологии (НИАТ) был создан Научно-исследовательский институт экономики планирования и управления (НИИЭПУ). На предприятие были возложены задачи по совершенствованию отраслевой экономики, планирования и управления производством, комплексного технико-экономического анализа работы отрасли и эффективного использования резервов, развития методической и нормативной базы планирования, а также широкого внедрения автоматизированных систем управления. Институт был назначен главным и выполнял основные работы по внедрению «Комплексной системы перспективного, текущего планирования и регулирования производства».
Роль НИИЭПУ как центра отраслевой экономики и его задачи были существенно расширены, когда, начиная с 1984г., под руководством профессора, доктора технических наук А.С. Исаева начались работы по исследованию процессов и совершенствованию программно-целевых методов управления развитием отрасли на долгосрочную перспективу. В этом направлении институт осуществлял разработку методологии программного планирования развития продукции и отрасли в целом на основе концепции «эффективность – затраты» в интересах обеспечения достижения максимального конечного эффекта в сфере применения отраслевой продукции при полном использовании научно-технического и производственного потенциала отрасли.
В 2006г. на базе НИИЭПУ учреждено ЗАО «НИИ экономики» (позже организационно правовая форма института была изменена на АО), сферой деятельности которого стало осуществление исследований российского и мирового рынков гражданской и военной авиации, проведение технико-экономического обоснования проектов и программ по созданию и производству авиационных изделий, а также экспертизы проектов и предложений, затрат на разработку и производство образцов авиатехники.